Villongo è un comune della Valcalepio, in provincia di Bergamo, a sud del lago d'Iseo. Il toponimo deriverebbe, con buona probabilità, dal longobardo "villa" (piccolo nucleo abitativo soggetto alla giurisdizione di un'entità superiore) e la tipica desinenza longobarda "-ongo".
L'area fu abitata sin dal periodo romano, quando fu ivi realizzato un vicus: il ritrovamento di alcuni suppellettili risalenti al periodo imperiale sembra avvalorare tale ipotesi.
L'attuale comune nacque ufficialmente nel 1927 quando i comuni di Villongo San Filastro e Villongo Sant'Alessandro, divisi dal 1724, vennero fusi in un unico paese.
Tra i siti di maggior pregio menzioniamo la Parrocchiale di Sant'Alessandro, edificata nel XVII secolo, la settecentesca Chiesa di San Filastro, la cappella romanica di Sant'Alessandro ad Agros e Villa Agliardi-Maffeis (XVII secolo), attuale sede del municipio.